Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, 5. Stunde

Schärfe, Charlotta ; Kohlbacher, Oliver ; Krüger, Jens , 25.05.2012

Table of Contents:

00:00:00.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, Paarweises Alignment (Vorlesungsüberblick)
00:01:18.0 Ähnlichkeit und Distanz
00:03:22.0 Paarweises Alignment, naiver Algorithmus
00:04:31.0 Paarweises Alignment, Anzahl möglicher Alignments
00:07:27.0 Paarweises Alignment, Anzahl möglicher Alignments: Sequenzen beliebiger Länge
00:09:03.0 Paarweises Alignment, Erzeugen aller Alignments (Beispielrechnung)
00:10:31.0 Laufzeitanalyse
00:12:27.0 O-Notation
00:16:12.0 Laufzeitanalyse, naives Alignment
00:17:31.0 Exponentielle Laufzeit
00:18:33.0 Paarweises Alignment, Scores von Teilalignments
00:19:40.0 Paarweises Alignment, Konstruktion von Alignments
00:20:54.0 Paarweises Alignment, Konstruktion von Alignments (Formal)
00:21:55.0 Dynamische Programmierung
00:22:24.0 Dynamische Programmierung, Sequenzanalyse (Beispiel)
00:29:44.0 Dynamische Programmierung, Sequenzanalyse: Traceback, T-Matrix (Beispiel)
00:33:32.0 Dynamische Programmierung, Mehrdeutigkeit der Lösung
00:34:21.0 Needleman-Wunsch-Algorithmus
00:35:16.0 Needleman-Wunsch-Algorithmus, Laufzeit
00:37:47.0 Needleman-Wunsch-Algorithmus, Python
00:42:46.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, Literatur und Links
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