Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, 8. und 9. Stunde

Kohlbacher, Oliver ; Krüger, Jens , 22.06.2012

Table of Contents:

00:00:00.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, Einleitung
00:00:41.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler: Multiples Alignment, Phylogenie (Vorlesungsüberblick)
00:01:11.0 MSA (Multiples Sequenzalignment), Problemdefinition
00:01:45.0 MSA, Anwendung: Strukturkonservierung
00:02:44.0 Phylogenien
00:03:48.0 MSA mit Dynamischer Programmierung
00:04:29.0 Komplexität
00:05:51.0 Heuristiken zum MSA: CLUSTALW
00:07:55.0 CLUSTALW, formale Problemdefinition
00:09:09.0 Ähnlichkeitsfunktionen
00:11:30.0 Profilalignments
00:12:51.0 CLUSTALW
00:17:30.0 CLUSTALW, Beispiel: Globine
00:24:17.0 MSA, Konsensus-Sequenz
00:25:47.0 Sequenzlogos
00:28:04.0 Sequenzlogos, Beispiel
00:29:05.0 CLUSTALW, Überblick
00:30:02.0 CLUSTALW, Probleme
00:32:48.0 T-COFFEE
00:34:50.0 CLUSTALW vs. T-COFFEE, Beispiel: GARFIELD
00:37:37.0 T-COFFEE, TATA-Boxen
00:38:34.0 Alignmentmethoden, weitere
00:39:28.0 MAFFT
00:40:23.0 Taxonomie - Evolution - Phylogenie
00:43:16.0 Molekulare Uhr
00:45:12.0 Graphen und Bäume
00:48:12.0 Bäume, phylogenetische: gewurzelte, ungewurzelte, Umwandlung
00:51:55.0 Bäume, Wahl der Wurzel
00:53:13.0 Bäume, Anzahl: exponentiell
00:54:19.0 Cladogramme und Phylogramme
00:55:01.0 Widersprüche in Bäumen
00:55:57.0 Konsensusbäume: strikter Konsensus, Mehrheitskonsensus
00:58:42.0 Reticulate Evolution
01:01:15.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, Literatur und Links
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