Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler, 14. und 15. Stunde

Kohlbacher, Oliver ; Krüger, Jens , 13.07.2012

Table of Contents:

00:00:00.0 Vorlesung Bioinformatik für Lebenswissenschaftler: Threading, Homologiemodellierung
00:00:31.0 Proteine, Faltungsklassen
00:02:42.0 Datenbanken: SCOP, CATH
00:05:49.0 Zwei Proteine, eine Faltungsklasse: mögliche Gründe
00:09:10.0 Strukturvorhersage, Nomenklatur: Fold Recognition, Threading, Homologiemodellierung
00:10:27.0 Threading, Schema
00:11:50.0 Threading
00:13:51.0 Threading als Alignment
00:14:33.0 Threading, Potentialfunktionen
00:17:00.0 Threading, Kontakte in Proteinen
00:17:54.0 Threading, Kontaktpotential ('Inverser' Boltzmann-Ansatz)
00:22:06.0 Threading, Paar-Interaktions-Potentiale
00:23:38.0 Threading, Sekundärstruktur-Präferenzen
00:25:00.0 Threading, Kontaktkapazitäts-Potentiale: CCP (Contact Capacity Potential)
00:26:54.0 Threading, CCP vs. CP
00:27:25.0 Proteinstrukturvorhersage, Algorithmen (Auswahl)
00:27:39.0 Threading, 123D
00:28:26.0 Threading, Sekundärstruktur-Präferenz
00:29:46.0 Threading, Kontaktkapazitäts-Potentiale: CCP in 123D
00:30:23.0 Threading, Abhängigkeit von der Potentialfunktion
00:32:44.0 Threading, Lysozym (Beispiel)
00:35:09.0 Homologiemodellierung
00:38:03.0 Homologiemodellierung, Anwendungen
00:40:49.0 Loop-Modellierung
00:43:39.0 Loop-Datenbanken
00:47:13.0 DB-basierte Methoden: BRAGI
00:50:06.0 Seitenkettenmodellierung
00:53:14.0 Torsionswinkelverteilung, LYS
00:55:15.0 Rotamere
00:55:35.0 Rotamerbibliotheken
00:56:46.0 Dunbrack-Rotamerbibliothek
00:59:54.0 Seitenkettenplatzierung
01:01:50.0 SWISS-MODEL
01:03:54.0 SWISS-MODEL, PROModII
01:06:36.0 SWISS-MODEL-Server
01:06:56.0 Threading, Homologiemodellierung (Literatur und Links)
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