Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik, 43. und 44. Stunde

Nieselt, Kay ; Jäger, Günter , 16.07.2012

Table of Contents:

00:00:00.0 Microarray Bioinformatics (Literature)
00:00:24.0 Microarray Bioinformatics (Lecture Overview)
00:01:10.0 Gene Expression and Microarray Technology
00:02:41.0 Microarray, Basics
00:07:24.0 Microarrays, Types
00:08:11.0 Microarrays, Types: Affymetrix Array
00:10:22.0 DNA-Microarray Experiments
00:11:34.0 Microarrays, Spotted Arrays: One-Color versus Dual-Color
00:12:19.0 Microarrays, Scanning
00:13:28.0 Microarrays, Images of Spotted Arrays
00:15:40.0 Microarrays, Images of In Situ-Microarrays
00:16:44.0 Microarrays, Image Analysis: From Raw to Primary Data
00:18:19.0 Microarrays, Expression Values of Two-Channel Arrays
00:20:21.0 Microarrays, Expression Matrix
00:21:23.0 Microarrays, Expression Profiling
00:22:03.0 Normalisation, Introduction
00:23:09.0 Normalisation within an Array, Global Normalisation
00:25:39.0 Normalisation within an Array, Visualization: Box Plot
00:27:23.0 Normalisation within an Array, Visualization: Scatterplot
00:28:49.0 Normalisation within an Array, Visualization: MA-Plot
00:31:27.0 Normalisation within an Array, Non-Linear Regression for Two-Channel Arrays
00:32:25.0 Normalisation between Arrays
00:33:34.0 Clustering, Motivation
00:34:40.0 Clustering, Introduction
00:36:35.0 Clustering, Metrics and Semi-Metrics for Expression Data: Euclidean Distance
00:37:38.0 Clustering, Metrics and Semi-Metrics for Expression Data: Pearson Correlation Coefficient
00:39:36.0 k-means Clustering, Algorithm
00:42:50.0 k-means Clustering, Demo
00:45:30.0 k-means Clustering: Intravariance Sum, Parameter k
00:46:41.0 Clustering, Visualisation: Profile Plot
00:47:45.0 k-means Clustering (Example)
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