Lecture Computational Proteomics and Metabolomics, 14. Lesson

Nahnsen, Sven , 02.12.2014

Table of Contents:

00:00:00 Isobaric Labeling
00:00:41 LC-MS/MS
00:02:42 MS/MS Techniques
00:05:12 Isobaric Labeling
00:08:00 Isobaric Labeling, Idea
00:08:49 Isobaric Labeling, Key Method: iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantification)
00:09:31 iTRAQ
00:12:54 Correction and Normalization
00:14:54 iTRAQ, Noise Model
00:16:56 iTRAQ, Protein Quantification
00:19:21 iTRAQ Analysis
00:23:06 Targeted Proteomics: SRM (Selected Reaction Monitoring)/MRM (Multiple Reaction Monitoring)
00:26:57 SRM vs. MRM
00:27:56 Targeted Assays
00:29:05 Transition, Definition
00:30:29 Targeted Assays
00:34:22 Computational Challenges
00:36:56 SRM Atlas
00:37:43 Skyline
00:40:17 MRM Transition Scheduling, Idea
00:41:51 Targeted MRM Scheduling (for a set of given protein sequences)
00:43:57 Prediction Methods
00:45:15 Retention Time Prediction
00:47:01 Optimization Problem: Definitions, ILP Formulation
00:53:05 Training Performance
00:54:07 Proof of Principle
00:54:27 SRM Maps; Optimal Scheduling
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