Lecture Computational Proteomics and Metabolomics, 16. Lesson

Kohlbacher, Oliver , 09.12.2014

Table of Contents:

00:00:00 Peptide Database Search, More Complex Workflow
00:01:24 Database Search Engines
00:02:21 X!Tandem
00:02:50 X!Tandem, Find Overlapping Masses
00:03:22 X!Tandem's Dot Product
00:04:50 X!Tandem, Survival Function and E-Value
00:06:37 X!Tandem Hyperscore
00:07:45 X!Tandem, Distribution of 'Incorrect' Hits
00:08:21 X!Tandem, Estimate Likelihood (E-Value)
00:09:49 Sequest, Cross Correlation
00:10:50 Sequest, Autocorrelation
00:11:20 Sequest, Xcorr Score
00:12:37 Sequest, delta Cn Score
00:13:24 Search Engines, Other: Mascot, Phenyx, InsPecT, Myrimatch
00:14:10 OpenMS, Search Settings
00:16:58 Search Settings: Mass Tolerance Settings
00:19:19 Search Settings: Charge State and Missed Cleavages
00:19:56 Search Settings: Modifications
00:24:27 FDR Estimation, Database Settings
00:25:47 Target-Decoy Databases
00:27:22 Target-Decoy Approach
00:31:38 FDRs, Calculation
00:32:47 Search Engines, Comparison
00:37:50 Scaffold
00:39:56 Scaffold Performance
00:41:51 ConsensusID
00:45:29 ConsensusID Performance
00:46:04 Lecture Computational Proteomics and Metabolomics, Learning Units 7A, 7B, 7C and 7D: Materials and References
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