Lecture Computational Proteomics and Metabolomics, 20. Lesson

Kohlbacher, Oliver , 13.01.2015

Table of Contents:

00:00:00 Protein Ambiguity Groups, Reporting
00:02:39 Inference through Quantification
00:08:23 Inferred Hits, Significance
00:10:18 Single Hit Wonders
00:12:24 Target-Decoy Databases (Recapitulation)
00:13:08 FDR Calculation (Recapitulation)
00:13:32 Single Hit Wonders
00:16:51 Protein FDRs
00:19:12 ProteinProphet
00:21:06 PeptideProphet, Peptide Probability Estimates (PPE)
00:22:24 Protein Probability Estimates
00:27:36 ProteinProphet (Example)
00:29:50 Sibling Peptides
00:31:51 NSP Distributions
00:32:56 NSP Correction, Influence
00:33:30 Protein Ambiguity
00:35:43 Protein Ambiguity Group
00:36:45 Protein FDR Calculation
00:39:25 MAYU
00:42:26 MAYU vs. ProteinProphet
00:44:03 MAYU
00:46:17 Benchmarking Inference Engines
00:47:59 Lecture Computational Proteomics and Metabolomics, Learning Units 9A, 9B and 9C: Materials and References
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