Proteomics Workshop - Proteomics data analysis and interpretation (Introduction, applications)

Velic, Ana ; Franz-Wachtel, Marita , 01.10.2015

Table of Contents:

00:00:00 Velic, Ana: Quantitative Proteomics (SILAC, Dimethyl labeling, label-free)
00:01:29 "Classical" quantitative approaches
00:02:14 MS-based Quantitative proteomics
00:03:45 Labeling Strategies, Overview
00:05:47 Metabolic vs. Chemical Labeling
00:07:47 Labeling Strategies
00:09:12 Labeling Strategies, Overview
00:09:22 Relative quantification
00:09:50 SILAC
00:28:47 Dimethyl labeling
00:37:48 Label-free
00:42:22 Absolute Quantification: AQUA Strategy
00:43:20 Isotope Coded Affinity Tags (ICAT)
00:43:34 Labeling quantitation strategies (Summary)
00:45:05 Franz-Wachtel, Marita: Analysis of posttranslational modifications
00:46:05 LC-Ms-based proteomics workflow
00:49:30 PTMs
00:53:36 PTMs in complex samples, challenge for systematical analysis
00:54:53 PTMs analysed in large scale by MS
00:56:30 PTMs and enrichment strategies at the PCT
00:58:03 Large-scale PTM analysis
01:03:37 Phosphoproteomics - Titansphere (TiO2) chromatography
01:05:32 Phosphoproteomic workflow
01:07:33 Phosphoproteomics, Enrichment efficiency
01:08:36 Enrichment of acetylated/ubiquitinated peptides
01:10:05 Serial enrichment of acetylated and ubiquitinated peptides
01:12:36 Input amounts depending on organism
01:13:49 Quantification of PTMs
01:17:17 PKD1 substrate candidates, detection (Example)
01:19:56 Analysis of PTMS, further and still remaining challenges
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